Hiện tại, nước mắm Phú Quốc đang đối mặt với 2 vấn đề:

• Nguồn nguyên liệu đang cạn kiệt do phương pháp đánh bắt bằng dàn đèn công suất lớn, tận diệt cá con, khiến nguồn cá không tái tạo được [5].
• Trong thời gian trước đây, tên gọi Nước mắm Phú Quốc không được chú ý để bảo hộ, một số cơ sở đã đăng ký dành riêng cho mình dẫn tới khả năng tên gọi này bị từ chối đăng bạ ở nước ngoài [6].